In den Jahren 1897, 1927, 1957 und 1958 kam es durch verheerende Hochwasserkatastrophen zu großen Schäden in der Stadt. 1940/41 wurden in der ehemaligen Heil- und Pflegeanstalt Sonnenstein (heutiges Schloss Sonnenstein), welche in dieser Zeit durch das Naziregime als Euthanasie-Tötungsstätte eingerichtet wurde, ca. 15.000 vorwiegend Geisteskranke und zum Schluß auch jüdische, polnische und deutsche KZ-Häftlinge ermordet. Durch einen Bombenangriff im Jahr 1945 wurden die Elbbrücke, der Bahnhof und viele Wohnhäuser zerstört.

1965-83 baute man das Wohngebiet auf dem Sonnenstein großflächig aus. Ein zweites großes Wohngebiet entstand im rechtselbisch gelegenen Stadtteil Copitz. Nach 1990 erfolgten in Pirna größere Sanierungsarbeiten (Elbbrücke, Rathaus, Schwimmhalle, Stadtmuseum, viele Häuser der Altstadt, wie z. B. Blechschmidthaus, Canalettohaus, Tetzelhaus, Alte Knabenschule u. a.). 1997 begann der Bau der zweiten Elbbrücke. Außerdem entstanden Gewerbegebiete auf dem Sonnenstein und auf dem Gelände des ehemaligen Kunstseidenwerkes.