Als im 12./13. Jahrhundert Ritter-, Bürger- und Bauerngeschlechter einwanderten und sesshaft wurden, erfolgte unter anderem auch die Anlage von Mahl- und Brettmühlen. Sie waren die ersten Produktionsstätten, die in Mügeln entstanden. Die Mühle an der Dresdner Straße, trat anfangs in Verbindung mit einem Vasallen, Hans von Mogelin, nur als Mahlmühle auf. Die genaue Entstehungszeit ist nicht bekannt, die Mühle könnte gut 100 Jahre älter sein als angenommen. Später kam zu der Mahlmühle noch eine Brettmühle hinzu. Im 15./16. Jahrhundert schossen die Brettmühlen wie Pilze aus dem Boden. Das Holz wurde von der Flößerei auf der nahe gelegenen Müglitz bezogen und in der Mühle zu Brettern geschnitten. Als erster Müller wurde im Jahr 1473 ein Herr Beyl erwähnt, deshalb auch "Beylsmühle" genannt. Das Lehn der Beylsmühle ging 1501 von den Mogelins auf die Bünaus über. 1548 war Herr von Körbitz Lehnsherr der Mühle. Im Jahr 1580 erwarb Heinrich Göding, ein Maler des Kurfüstlichen Hofes, die Mühle. So änderten sich im Laufe der Jahrhunderte mehrfach die Besitzverhältnisse.

Die Mühle brannte mehrmals ab, wurde jedoch wieder aufgebaut und weiterhin als Mühle betrieben. Zu ihr gehörte seit dem 15./16. Jh. auch eine Ölmühle, in der Ölfrüchte (Leinsamen, Sonnenblumenkerne u. a.) gemahlen und verarbeitet wurden, sowie ein Kräutergarten und eine Kräuterwiese. 1893 kaufte Christian George Otto Friedrich die Mühle. Er besaß in Dresden eine Drogen-, Mahl- und Schneidanstalt. Diesen Betrieb verlegte er in die Heidenauer Mühle, damals schon "Mittelmühle" bezeichnet. Seitdem wurde sie im Volksmund "Drogenmühle" genannt. Wobei man den Begriff "Drogen" nicht mit den Rausch- oder Suchtmitteln, welche heute allgemein als Drogen bezeichnet werden, in Verbindung bringen sollte. Es wurden Heilpflanzen für den Drogerie- und Pharmaziebedarf (Tee, Salben usw.) verarbeitet und Gewürzmischungen hergestellt. Ein Feuer im Jahr 1911 zerstörte einen großen Teil der Hauptmaschinenanlage. Bereits seit 1906 leitete Franz Otto Friedrich den Betrieb seines Vaters. Im Sommer 1928 übernahm er die Firma. Zum Ende des Zweiten Weltkrieges wurden mehrere Gebäude in Nähe der Mühle und auch die Dächer der Drogenmühle durch Bombenexplosionen ausgelöste Druckwellen zerstört. Nachdem die Mühle wieder funktionstüchtig gemacht wurde, begann die Produktion bei Null. Auf Grund der weggefallenen Importe entstand ein Mangel an Heilpflanzen. Es kam zu einer großen Kräutersammelaktion der Bevölkerung.

Jahrelang gab es einen Streit um den Mühlgraben, welcher in Dohna der Müglitz entspringt und sich entlang der Mühlen (Erlichtmühle, Obermühle, Mittelmühle und Rote Mühle) schlängelte und in Mügeln in die Elbe mündete. Dieser Streit wurde jedoch später beigelegt.