Alle nach Heidenau eingemeindeten Orte schrieben ein eigenes Stück Geschichte. Die sehr karge Lebensweise der Bevölkerung, die unter der Feudalherrschaft bereits begann, setzte sich später, unter anderem im Dreißigjährigen Krieg, im zweiten schlesischen Krieg 1744 und auch im Kriegsjahr 1813, fort. Erst mit der zunehmenden Industrialisierung kamen bessere Zeiten. Vom Mittelalter bis zum Beginn des 19. Jahrhunderts waren die einzelnen Dörfer Handelsobjekte und konnten von den Schlossherren und Rittergutsbesitzern verkauft, getauscht und verpfändet werden. Der Richter war für die ordentliche Abgabe von Zinsen und Erbringung der Frondienste verantwortlich. Mit der 1. Sächsischen Verfassung (1831) und Landgemeindeordnung (1838) wurde eine selbständige Verwaltung durch eine gewählte Gemeindevertretung (Bürgermeister, Gemeindevorstand) und dem Gemeindeältesten möglich. Das heutige Rathaus von Heidenau wurde 1911 durch die damalige Gemeinde Mügeln errichtet. Da die Stadt Heidenau erst durch den Zusammenschluss mehrerer Ortsteile entstand, gibt es kein eigentliches Stadtzentrum. Man kann keine Parallelen zur Gründung anderer Städte herstellen. Es existiert kein Marktplatz mit Kirchturm und auch eng aneinander gereihte Häuser oder enge Straßen und Gassen sind nicht zu finden. Die Einwohner von Heidenau und Mügeln gehörten bis 1899/1901 noch zur Pfarrgemeinde Dohna. Nachdem die Kirchgemeinden selbständig wurden, nutzten die Heidenauer für ihre Pfarrtätigkeit stillgelegte Betriebe, Gaststätten und Schulen. Der Wunsch eines repräsentativen Kirchenneubaus scheiterte bis heute aus finanziellen Gründen. Erste Produktionsstätten von Heidenau waren die Mühlen am Unterlauf der Müglitz. Dazu zählten die "Erlichtmühle" (1418), die "Drogenmühle" (vorher Mittelmühle/Beylsmühle 1473), die "Rote Mühle" (vorher Niedermühle 1548) und die nicht mehr existierende Obermühle (1548). Außerdem gab es noch die "Sarische Mühle"(1474), die sich neben der heute noch existierenden Pechhütte unterhalb von Großsedlitz befand.

Größere Umwälzungen in der Entwicklung von Heidenau begannen im 19. Jahrhundert. Der bis dahin vorherrschenden landwirtschaftlichen Produktion folgte ein neues Gewerbe, die Strohflechterei. Die Abgeschiedenheit Heidenaus, der später eingemeindeten und auch der umliegenden Dörfer endete mit dem Eisenbahnbau (erste Eisenbahnstrecke 1848 Dresden-Pirna/ 1890 Müglitztalbahn nach Geising). Der Boden wurde den Unternehmern zu günstigen Preisen angeboten. Die für die Industrie benötigten Rohstoffe konnten per Bahn und durch die günstige Lage der Elbe auch per Schiff herangeführt werden. 1870 entstand die erste große chemische Fabrik. Seit 1890 ließen sich immer mehr Unternehmungen der verschiedensten Branchen in Heidenau nieder. Am bedeutendsten war dabei die Zellulose- und Papierindustrie. Es entwickelten sich holzverarbeitende Betriebe sowie zahlreiche Produktionsstätten des Maschinenbaus (Elektromotoren-, Druckmaschinen- und Schokoladenmaschinenbau). Betriebe der Möbel- und Reifenindustrie, des Pilot- und Chemieanlagenbaues kamen dazu. Weitere Zweige, wie die Fertigung von Fischereinetzen, die Brennstoffversorgung, die Druckguss- und Graugusserzeugung und die Schuhfertigung folgten. Aber auch zahlreiche Händler, Handwerksbetriebe, Dienstleistungsunternehmen und gastronomische Einrichtungen prägten die Stadtentwicklung. Der Bedarf an Arbeitskräften stieg ständig, die Einwohnerzahl verdoppelte sich und der Wohnungsbau boomte. Die Stadt entwickelte sich zu einer bedeutenden Industriestadt.